I funksjonell medisin orienteres det mot å finne den underliggende årsaken til sykdom og problemer, og man ser på grunnleggende biologiske og biokjemiske prosesser som skaper sykdom eller helse. Metoden tar i bruk de siste oppdagelsene innen både medisin, fysikk, biokjemi og biologi. Utøvere i Norge er som regel leger eller annet helsepersonell, med tilleggsutdannelse i funksjonell medisin fra USA.
Behandlingsmetoden er basert på ideen at vi alle er forskjellige og dermed har forskjellig behov for behandling og oppfølging. Det er særlig ved kroniske sykdommer og komplekse sykdomsbilder at pasienter har erfart effekt, ifølge opphavspersonene og utøvere.
Man ser på pasientens miljø – kosthold, livsstil, helse, stress, forurensing, giftstoffer i mat, klær og drikkevann mv. Utfra en helhetlig vurdering tilbys et behandlingsopplegg, hvor forskjellige behandlingsmetoder kan inngå.
Individuell kostholdsveiledning og kosttilskudd – vitamin- og mineralterapi, sammen med sunn livsførsel er grunnstener i behandlingen, men nyere metoder kjent fra skolemedisinen og tradisjonelle behandlingsmetoder fra folkemedisinen, for eksempel urtemedisin kan inngå. Andre behandlingsmetoder som benyttes kan være mental trening, som kognitiv terapi, coaching, hypnose/hypnoterapi.